selecionando texto de arquivo e remover esse texto de outro

[fjucks]

ah...cara deu certo aqui, nao usarei esse script nao, mas ele me deu mt luz , quando eu fazer o meu aqui, eu posto pra vc verem, foi mal as duvidas , mas eh que mal aprendi perl, ja tenho que fazer umas coisas complicadinhas...

Valeu acpguedes!

[fjucks]

sabe o que nao esta dando certo eh tipo mais ou menos isso

olha esse exemplo

use strict;

my $string = "Aprendizagem perl pela internet";
my $entrada = <STDIN>;
#my @array = ($entrada,"ss");
if($string =~ /$entrada/){
print "possui a palavra\n";
}else{
printf "Nao possui palavra\n";
}

tipo fala que a palavra nao esta na string mesmo se eu digitar igual

[acpguedes]

falta um "m" antes da barra

if (($line =~ m/$query/) && ($line =~ m/>/))
# isso torna-se isto
if (($line =~ /RF00028/) && ($line =~ m/>/))
# quando 
$query = RF00028;
# porque quando
$query = <STDIN>;
# te obriga a entrar com uma informação 
# durante a segunda pergunta (segunda entrada) 

a melhor fonte que conheço pra regaex é aqui -> http://aurelio.net/regex/
e é portuguem, e mesmo assim o melhor material
mas é inevitavel que você leia o porldoc
para conhecer os detalhes!

[fjucks]

entao, mesmo colocando o m antes, ele nao da, eh estranho isso, pq eh a mesma coisa, só que ele nao busca quando digito RF00025 por exemplo

[acpguedes]

o modelo de arquivo que uso é igual ao seu, é fasta!!!

>hsa-let-7a MIMAT0000062 Homo sapiens let-7a
UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
>hsa-let-7a* MIMAT0004481 Homo sapiens let-7a*
CUAUACAAUCUACUGUCUUUC
>hsa-let-7a-2* MIMAT0010195 Homo sapiens let-7a-2*
CUGUACAGCCUCCUAGCUUUCC
>hsa-let-7b MIMAT0000063 Homo sapiens let-7b
UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU
>hsa-let-7b* MIMAT0004482 Homo sapiens let-7b*
CUAUACAACCUACUGCCUUCCC
>hsa-let-7c MIMAT0000064 Homo sapiens let-7c
UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU
>hsa-let-7d MIMAT0000065 Homo sapiens let-7d
AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGUU
>hsa-let-7d* MIMAT0004484 Homo sapiens let-7d*
CUAUACGACCUGCUGCCUUUCU 

ve se observa alguma diferença

[fjucks]

rodei o seu aqui no meu, deu na mesma, estranho isso, pq tipo se eu digito

MIMAT0000062, ele nao pega pore se eu digito let-7a ele joga a sequencia no outro arquivo

[acpguedes]

aqui, estava faltando um chomp na função STDIN

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

# Input parameters
print "Digite o nome do arquivo com os miRNA mature seguido de seu formato ex: arquivo.fas ou arquivo.txt \t\n";
chomp (my $scaffold_file = <STDIN>);
print "Digite o nome do termo procurado ex: termo\t\n";
chomp (my $query = <STDIN>);

open IN, $scaffold_file or die ;

my $seq = "";
my $flag = "off";
my $records = 0;


while( my $line = <IN>) {
    
if (($line =~ m/$query/) && ($line =~ m/>/)) {
            
print $line, "\n";
            
$records++;
            
$flag = "on";
        
}

        
else {
            
if($flag eq "on") {
                
print $line, "\n";
            
}
            
$flag = "off";
        
}
    
}